В Persona 3 главный герой — старшеклассник, который присоединяется к SEES (специализированному факультативному исполнительному отделению), группе студентов, занимающихся исследованием «тёмного часа», скрытого промежутка времени, наступающего ровно в полночь между одним днём ​​и следующим за ним. Во время тёмного часа игрок посещает Тартар, огромную башню, населённую «тенями», существами, питающимися разумом людей. Чтобы противостоять теням, каждый член SEES может призвать Персону, олицетворение своего внутреннего «я».

Всего было выпущено три версии игры: оригинальная Persona 3, Persona 3 FES с эпилогом и Persona 3 Portable c обновлённой сюжетной кампанией за женского протагониста.