Сюжет игры Pokemon Legends: Arceus стартует задолго до начала Pokemon Diamond and Pearl и разворачивается в регионе Хисуи, где мастера стараются заполнить первый покедекс.

В этой RPG герои из разных уголков планеты прибыли в город Джубилиф, чтобы войти в состав Экспедиционной Команды и приступить к исследованию открытого мира. Во время путешествия персонажи столкнутся с редчайшими покемонами, некоторые из которых предпочитают сторониться людей, а другие – охотно им помогают. Некоторые монстры и вовсе впадают в бешенство, и успокоить их в неравном бою будет непросто.

В Pokemon Legends: Arceus была значительно переработана боевая система по сравнению с другими частями саги. Теперь один покемон способен выполнить несколько действий подряд. Кроме того, некоторых карманных монстров и их эволюции можно повстречать только во время планомерного изучения региона Хисуи.